Pendant le tournage, des inondations ont eu lieu dans le sud du pays, déplaçant de nombreuses personnes. Les cinéastes ont offert leur aide à beaucoup d'entre elles. De ce fait, la première a dû être reportée de quatre mois.
Le réalisateur Quentin Tarantino a qualifié Apocalypto de "chef-d'œuvre. Peut-être le meilleur film de l'année". L'acteur légendaire Robert Duvall est allé encore plus loin en déclarant que c'était "probablement le meilleur film que j'ai vu en vingt-cinq ans".
Le réalisateur Mel Gibson n'a autorisé aucun pays à doubler le film, celui-ci reste donc uniquement en version originale.
Les linguistes mayas se sont réjouis que le dialecte indien yucatèque soit entendu dans Apocalypto. "Nous sommes reconnaissants que quelqu'un attire l'attention du monde entier sur notre culture. C'est une formidable opportunité de ramener la langue maya dans la vie quotidienne", a déclaré la professeure Hilaria Maas de l'Université du Yucatán.
Les bandeaux ou couronnes faisaient partie de la tenue des rois mayas. Ils en portaient un différent pour chaque occasion. Les exemplaires conservés peuvent être vus au Musée Archéologique de Mexico.
En raison du climat imprévisible au Mexique, il a été nécessaire de protéger les caméras numériques. En cas de chaleur extrême, ils les enveloppaient dans des housses blanches qui réfléchissaient la chaleur, et lors du tournage à la cascade, ils les enveloppaient dans des housses imperméables spéciales.
La grenouille, que le personnage principal utilisera pour obtenir du venin pour les flèches, provient de la famille des Dendrobatidae, également connues sous le nom de grenouilles flèches. Le nom vient du frottement de la toxine sur les pointes des flèches. 1 mg de venin peut tuer dix à vingt personnes s'il pénètre dans le sang.
Le générique à la fin de la première bande-annonce montre un casting différent de celui du générique de fin du film lui-même.
L'attaque du jaguar est filmée exactement selon la réalité. Alors que d'autres prédateurs attaquent la zone du cou, le jaguar se concentre sur le crâne et paralyse le cerveau de la victime.
Plusieurs rôles importants ont été joués par des personnes qui n'étaient jamais apparues dans un film auparavant.
Le département maquillage était composé de 300 travailleurs.
La scène dans laquelle Rudy Youngblood (Jaguar Paw) saute de la cascade a été filmée dans un immeuble de quinze étages et la cascade a été ajoutée numériquement. Rudy n'avait pas de doublure et a sauté pour de vrai.
Le film a été réalisé dans l'État de Veracruz, situé au Mexique.
Tout comme le projet précédent de Mel Gibson, "La Passion du Christ" (2004), Apocalypto ne commence pas par un générique de début traditionnel et débute également par une citation.
Le plus gros problème avant le tournage a été de trouver une personne pour incarner le souverain de la cité maya. Ce personnage n'a été trouvé que la veille de la première scène. Mel Gibson ne pensait qu'aucun des figurants ne convenait pour ce rôle, alors le scénariste Farhad Safinia est finalement parti désespérément à la recherche d'une personne parmi les dockers, où il l'a finalement trouvée.
800 figurants ont participé au tournage qui, selon Mel Gibson, n'avaient jamais vu de caméra de leur vie.
Mel Gibson a payé de sa poche une partie du budget de quarante millions de dollars afin de pouvoir tourner le film sans restrictions, avec des acteurs inconnus ou débutants et dans la langue maya originale.
Il semble que le public ne se soit pas soucié de la controverse entourant Mel Gibson. Aux États-Unis, Apocalypto a atteint le sommet des charts avec des ventes de week-end de plus de 15 millions de dollars, et dans de nombreux autres pays, ce fut le meilleur démarrage historique pour un film non anglophone. Finalement, les ventes totales aux États-Unis se sont élevées à 50,9 millions de dollars et à 120,6 millions de dollars dans le monde entier.
Le commissaire guatémaltèque pour la question du racisme a lancé une attaque contre Apocalypto : "Le film présente les Mayas comme une nation de barbares et de meurtriers qui ne pourraient être sauvés que par l'arrivée des Espagnols". Cependant, Mel Gibson a répondu qu'il n'avait capturé que des événements historiques confirmés.
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